tool_setup.sh 11.4 KB
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1
########################################################################################################################
2 3
## DeepTools

4
cd ~/bin
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
5 6 7 8 9
pip3 install --upgrade pip

wget -O deepTools-2.5.1.tar.gz https://github.com/fidelram/deepTools/archive/2.5.1.tar.gz
tar xvf deepTools-2.5.1.tar.gz
cd deepTools-2.5.1
10 11 12

#http://effbot.org/pyfaq/when-importing-module-x-why-do-i-get-undefined-symbol-pyunicodeucs2.htm
# https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/issues/256
13 14 15 16 17 18 19

#http://stackoverflow.com/questions/7225900/how-to-pip-install-packages-according-to-requirements-txt-from-a-local-directory
pip3 install --user -r requirements.txt
python3 setup.py install --user
#which /home/brandl/.local/bin/correctGCBias
#which /home/brandl/.local/bin/bamCoverage
/home/brandl/.local/bin/bamCoverage
20
/home/brandl/.local/bin/multiBamSummary
21 22 23 24 25



cd ~/bin

26 27 28 29 30
########################################################################################################################
## kscript

curl -s "https://get.sdkman.io" | bash  # install sdkman
source ~/.bash_profile                  # add sdkman to PATH
31

32 33
#sdk install sbt
sdk install maven
34 35
sdk install kotlin
sdk install gradle
36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
sdk install kscript


########################################################################################################################
## joblist
cd ~/bin/

## joblist https://github.com/holgerbrandl/joblist
cd ~/bin
wget https://github.com/holgerbrandl/joblist/releases/download/v0.7.1/joblist_installer_v0.7.1.tar.gz
tar -zxvf joblist_installer_v0.7.1.tar.gz

48

49 50
########################################################################################################################
## bedtools
51

52
cd ~/bin
53 54 55 56 57 58 59

## bedtools see http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.html
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.25.0.tar.gz
mv bedtools2 bedtools2-2.25.0
cd bedtools2-2.25.0
make
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Holger Brandl committed
60

61 62


Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
63
########################################################################################################################
Holger Brandl's avatar
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64
## samtools
65

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66
cd ~/bin
67

Holger Brandl's avatar
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68 69 70 71 72 73 74
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2
tar xvf samtools-1.5.tar.bz2
cd samtools-1.5
make

#on mac
./configure --disable-lzma
Holger Brandl's avatar
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75 76 77
make


78
########################################################################################################################
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
79
## bcftools
80

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Holger Brandl committed
81
cd ~/bin
82

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83 84 85 86
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1.tar.bz2
tar xvf bcftools-1.3.1.tar.bz2
cd bcftools-1.3.1
make
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Holger Brandl committed
87 88


89
########################################################################################################################
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
90
## gmap
91

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Holger Brandl committed
92
cd ~/bin
93

Holger Brandl's avatar
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94 95 96 97 98 99 100 101
wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2016-06-30.v2.tar.gz
tar xvf gmap-gsnap-2016-06-30.v2.tar.gz
cd gmap-2016-06-30
./configure --bindir=/home/brandl/bin/gmap-2016-06-30/bin
make
make install prefix=/home/brandl/bin/gmap-2016-06-30

#make install prefix=/home/brandl/local_bin/gmap-2016-06-30
102 103 104
#export PATH=/home/brandl/local_bin/gmap-2016-06-30/bin:${PATH}


105
########################################################################################################################
106 107 108
## multiqc

# http://multiqc.info/docs/#installation-with-pip
109
pip3 install --user multiqc
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Holger Brandl committed
110 111


112 113
########################################################################################################################
## bedops
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114

115
cd ~/bin
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Holger Brandl committed
116 117

tar xvf bedops_linux_x86_64-v2.4.20.tar.bz2
118 119 120
mv bin bedops_linux_x86_64-v2.4.20


121 122
########################################################################################################################
## PfamScan (follow PfamScan/README and see http://pfam.xfam.org/help#tabview=tab12)
123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140

cd /home/brandl/bin/PfamScan/pfam_data

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz
wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/active_site.dat.gz

gunzip Pfam-A.hmm.dat.gz
gunzip Pfam-A.hmm.gz
gunzip active_site.dat.gz

#which hmmpress
export PATH=/projects/plantx/bin/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/:$PATH
hmmpress Pfam-A.hmm


wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/PfamScan.tar.gz
tar xvf PfamScan.tar.gz
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
141 142
#cpan Moose ## suggested by does not seem to be required, see

143

144
########################################################################################################################
145
## enrichr API https://github.com/snewhouse/enrichr-api
146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157
#
#cd ~/bin
#
#git clone https://github.com/snewhouse/enrichr-api
#export PATH=~/bin/enrichr-api:${PATH}
#
##change interpreter to python 3 in
#nano enrichr-api/query_enrichr_py3.py
#
#
#export PATH=~/bin/enrichr-api:${PATH};
#query_enrichr_py3.py /tmp/RtmpGt5uEk/file83c2615400f3.lst 'batch enrichment' ENCODE_TF_ChIP /tmp/RtmpGt5uEk/file83c247b2a3d2.txt
158

159
# -> use r package instead
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
160

161 162
########################################################################################################################
## NBCI Blast
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
163

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
164
cd ~/bin
165

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
166 167 168 169 170
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.5.0+-src.tar.gz
tar xvf ncbi-blast-2.5.0+-src.tar.gz
cd ncbi-blast-2.5.0+-src/c++
./configure
make
171 172


173
########################################################################################################################
174
## STAR aligner
175

176
cd ~/bin
177

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
178
wget --no-check-certificate https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.2b.tar.gz
179
tar xvf 2.5.2b.tar.gz
180
cd STAR-2.5.2b/source
181
make
182
./STAR
183

domingue's avatar
domingue committed
184

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
185 186 187 188 189 190
## macos
cd ~/bin/
mkdir -p STAR-2.5.2b/source/
cd STAR-2.5.2b/source/
cmake -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-6 CMakeLists.txt
make
191 192


193
########################################################################################################################
194
## sratoolkit
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
195
cd ~/bin/
196 197 198 199 200 201 202 203
#wget https://github.com/ncbi/sra-tools/archive/2.8.2-1.tar.gz
#tar xvf 2.8.2-1.tar.gz
#cd sra-tools-2.8.2-1
#./configure # --> does not work
wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
tar xvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
#cd sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin
#./fastq-dump -h
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
204 205


Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
206

207
########################################################################################################################
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
208 209
## picard

210
cd ~/bin
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
211 212 213 214 215 216

mkdir picard_tools
picardVersion=2.10.2
wget -O picard_tools/picard_v${picardVersion}.jar -N https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/${picardVersion}/picard.jar


Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
217

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
218 219

########################################################################################################################
220 221
## igv

222
cd ~/bin
223

224
wget http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/igvtools_2.3.91.zip
225
unzip igvtools_2.3.91.zip
226
mv IGVTools igvtools_2.3.91
227 228
ll igvtools_2.3.91

229
cd ~/bin/
230 231 232
## link from http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
wget http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.4/IGV_2.4.7.zip
unzip IGV_2.4.7.zip
233 234


235
########################################################################################################################
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
236
## kallisto see https://github.com/pachterlab/kallisto/blob/master/INSTALL.md
237 238 239

cd ~/bin

240 241 242
wget https://github.com/pachterlab/kallisto/archive/v0.43.1.tar.gz
tar xvf v0.43.1.tar.gz
cd kallisto-0.43.1
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
243 244 245 246
mkdir build
cd build
cmake ..
make
247
ln -s kallisto-0.43.1/build/src/ kallisto-v0.43.1
248

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
249

250 251
## or fetch existing build
wget https://github.com/pachterlab/kallisto/releases/download/v0.43.1/kallisto_linux-v0.43.1.tar.gz
252
tar xvf kallisto_linux-v0.43.1.tar.gz
253
ln -s kallisto_linux-v0.43.1 kallisto-v0.43.1
254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268


########################################################################################################################
## Moods

## see https://github.com/jhkorhonen/MOODS/wiki/Installation
cd ~/bin

wget --no-check-certificate https://github.com/jhkorhonen/MOODS/releases/download/v1.9.3/MOODS-python-1.9.3.tar.gz
tar xzvf MOODS-python-1.9.3.tar.gz
cd MOODS-python-1.9.3
#python setup.py build_ext --inplace
python setup.py install --user


Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
269 270 271 272 273
########################################################################################################################
## featureCounts

#bins from http://subread.sourceforge.net/
cd ~/bin/
274

275 276
tar xvf subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz
find subread-1.6.0-Linux-x86_64 | grep "featureCounts$"
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
277 278 279


########################################################################################################################
280
## bowtie2 & bowtie1
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
281 282

cd ~/bin/
283 284 285

#umask u=rwx,g=rwx,o=

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
286 287 288 289 290 291
wget https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases/download/v2.3.3.1/bowtie2-2.3.3.1-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.3.1-linux-x86_64.zip
mv bowtie2-2.3.3.1-linux-x86_64 bowtie2-2.3.3.1

mv /projects/bioinfo/bowtie-1.2.1.1-linux-x86_64.zip  ~/bin
unzip bowtie-1.2.1.1-linux-x86_64.zip
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
292 293


294
#########################################################################################################################
295
## appify
296 297 298 299 300
#
#cd /bin/
#wget https://gist.githubusercontent.com/mathiasbynens/674099/raw/9e64331e348b20049975519b866148050db06da5/appify -O appify
#chmod r+x appify

Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
301
########################################################################################################################
302
## appify fork with image icon support https://gist.github.com/oubiwann/453744744da1141ccc542ff75b47e0cf
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
303

304 305
mkdir ~/bin/appify2
wget https://gist.githubusercontent.com/oubiwann/453744744da1141ccc542ff75b47e0cf/raw/a28ece126d1ff7ec0bf851acce15175e4deceb7d/appify.sh -O ~/bin/appify2/appify
306 307 308 309 310
chmod ug+x ~/bin/appify2/appify



########################################################################################################################
311
## flash
312 313 314 315 316 317 318 319 320 321

cd ~/bin/

tar xvf FLASH-1.2.11.tar.gz
cd FLASH-1.2.11
make
## test the build
./flash --help


322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335
## https://sourceforge.net/projects/flashpage/files/


########################################################################################################################
### last

cd ~/bin/

wget http://last.cbrc.jp/last/index.cgi/archive/tip.tar.gz
tar -xvzf tip.tar.gz
rm tip.tar.gz
mkdir last
mv last-bc08832db1a1 last/
cd last/last-bc08832db1a1
336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349
make install prefix=/home/brandl/bin/last/last-bc08832db1a1/



########################################################################################################################
### gffcompare

cd ~/bin/

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/gffcompare-0.10.4.tar.gz
tar -xvzf gffcompare-0.10.4.tar.gz
cd gffcompare-0.10.4
make

350 351 352 353 354 355 356 357
### gffread
cd ~/bin/

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/gffread-0.11.4.tar.gz
tar -xvzf gffread-0.11.4.tar.gz
cd gffread-0.11.4
make

358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368

########################################################################################################################
### RNAfold

cd ~/bin/

wget https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/download/sourcecode/2_4_x/ViennaRNA-2.4.9.tar.gz
tar -zxf ViennaRNA-2.4.9.tar.gz
cd ViennaRNA-2.4.9
./configure --prefix=/home/brandl/bin/ViennaRNA-2.4.9
make
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379
make install


########################################################################################################################
### LocalFold

cd ~/bin/

wget http://www.bioinf.uni-freiburg.de/Software/LocalFold/LocalFold-1.0.tar.gz
tar -zxf LocalFold-1.0.tar.gz

Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
380 381 382 383 384 385 386

########################################################################################################################
### SalmonTE

cd ~/bin/

git clone https://github.com/hyunhwaj/SalmonTE
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
387 388 389 390 391 392 393 394 395 396


########################################################################################################################
### Salmon

cd ~/bin/

wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.0/salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz
tar -zxf salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz
mv salmon-latest_linux_x86_64 salmon-0.14.0