tool_setup.sh 13.1 KB
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1
########################################################################################################################
2 3
## DeepTools

4
cd ~/bin
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Holger Brandl committed
5 6 7 8 9
pip3 install --upgrade pip

wget -O deepTools-2.5.1.tar.gz https://github.com/fidelram/deepTools/archive/2.5.1.tar.gz
tar xvf deepTools-2.5.1.tar.gz
cd deepTools-2.5.1
10 11 12

#http://effbot.org/pyfaq/when-importing-module-x-why-do-i-get-undefined-symbol-pyunicodeucs2.htm
# https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/issues/256
13 14 15 16 17 18 19

#http://stackoverflow.com/questions/7225900/how-to-pip-install-packages-according-to-requirements-txt-from-a-local-directory
pip3 install --user -r requirements.txt
python3 setup.py install --user
#which /home/brandl/.local/bin/correctGCBias
#which /home/brandl/.local/bin/bamCoverage
/home/brandl/.local/bin/bamCoverage
20
/home/brandl/.local/bin/multiBamSummary
21 22 23 24 25



cd ~/bin

26 27 28 29 30
########################################################################################################################
## kscript

curl -s "https://get.sdkman.io" | bash  # install sdkman
source ~/.bash_profile                  # add sdkman to PATH
31

32 33
#sdk install sbt
sdk install maven
34 35
sdk install kotlin
sdk install gradle
36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
sdk install kscript


########################################################################################################################
## joblist
cd ~/bin/

## joblist https://github.com/holgerbrandl/joblist
cd ~/bin
wget https://github.com/holgerbrandl/joblist/releases/download/v0.7.1/joblist_installer_v0.7.1.tar.gz
tar -zxvf joblist_installer_v0.7.1.tar.gz

48

49 50
########################################################################################################################
## bedtools
51

52
cd ~/bin
53 54 55 56 57 58 59

## bedtools see http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.html
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.25.0.tar.gz
mv bedtools2 bedtools2-2.25.0
cd bedtools2-2.25.0
make
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60

61 62


Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
63
########################################################################################################################
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64
## samtools
65

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66
cd ~/bin
67

Holger Brandl's avatar
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68 69 70 71 72 73 74
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2
tar xvf samtools-1.5.tar.bz2
cd samtools-1.5
make

#on mac
./configure --disable-lzma
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75 76 77
make


78
########################################################################################################################
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Holger Brandl committed
79
## bcftools
80

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81
cd ~/bin
82

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83 84 85 86
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1.tar.bz2
tar xvf bcftools-1.3.1.tar.bz2
cd bcftools-1.3.1
make
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87 88


89
########################################################################################################################
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
90
## gmap
91

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Holger Brandl committed
92
cd ~/bin
93

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94 95 96 97 98 99 100 101
wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2016-06-30.v2.tar.gz
tar xvf gmap-gsnap-2016-06-30.v2.tar.gz
cd gmap-2016-06-30
./configure --bindir=/home/brandl/bin/gmap-2016-06-30/bin
make
make install prefix=/home/brandl/bin/gmap-2016-06-30

#make install prefix=/home/brandl/local_bin/gmap-2016-06-30
102 103 104
#export PATH=/home/brandl/local_bin/gmap-2016-06-30/bin:${PATH}


105
########################################################################################################################
106 107 108
## multiqc

# http://multiqc.info/docs/#installation-with-pip
109
pip3 install --user multiqc
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110 111


112 113
########################################################################################################################
## bedops
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114

115
cd ~/bin
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Holger Brandl committed
116 117

tar xvf bedops_linux_x86_64-v2.4.20.tar.bz2
118 119 120
mv bin bedops_linux_x86_64-v2.4.20


121 122
########################################################################################################################
## PfamScan (follow PfamScan/README and see http://pfam.xfam.org/help#tabview=tab12)
123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140

cd /home/brandl/bin/PfamScan/pfam_data

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.dat.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz
wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/active_site.dat.gz

gunzip Pfam-A.hmm.dat.gz
gunzip Pfam-A.hmm.gz
gunzip active_site.dat.gz

#which hmmpress
export PATH=/projects/plantx/bin/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/:$PATH
hmmpress Pfam-A.hmm


wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/PfamScan.tar.gz
tar xvf PfamScan.tar.gz
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
141 142
#cpan Moose ## suggested by does not seem to be required, see

143

144
########################################################################################################################
145
## enrichr API https://github.com/snewhouse/enrichr-api
146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157
#
#cd ~/bin
#
#git clone https://github.com/snewhouse/enrichr-api
#export PATH=~/bin/enrichr-api:${PATH}
#
##change interpreter to python 3 in
#nano enrichr-api/query_enrichr_py3.py
#
#
#export PATH=~/bin/enrichr-api:${PATH};
#query_enrichr_py3.py /tmp/RtmpGt5uEk/file83c2615400f3.lst 'batch enrichment' ENCODE_TF_ChIP /tmp/RtmpGt5uEk/file83c247b2a3d2.txt
158

159
# -> use r package instead
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
160

161 162
########################################################################################################################
## NBCI Blast
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
163

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
164
cd ~/bin
165

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
166 167 168 169 170
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.5.0+-src.tar.gz
tar xvf ncbi-blast-2.5.0+-src.tar.gz
cd ncbi-blast-2.5.0+-src/c++
./configure
make
171 172


173
########################################################################################################################
174
## STAR aligner
175

176
cd ~/bin
177

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
178
wget --no-check-certificate https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.2b.tar.gz
179
tar xvf 2.5.2b.tar.gz
180
cd STAR-2.5.2b/source
181
make
182
./STAR
183

domingue's avatar
domingue committed
184

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
185 186 187 188 189 190
## macos
cd ~/bin/
mkdir -p STAR-2.5.2b/source/
cd STAR-2.5.2b/source/
cmake -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-6 CMakeLists.txt
make
191 192


193
########################################################################################################################
194
## sratoolkit
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
195
cd ~/bin/
196 197 198 199 200 201 202 203
#wget https://github.com/ncbi/sra-tools/archive/2.8.2-1.tar.gz
#tar xvf 2.8.2-1.tar.gz
#cd sra-tools-2.8.2-1
#./configure # --> does not work
wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
tar xvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
#cd sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin
#./fastq-dump -h
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
204 205


Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
206

207
########################################################################################################################
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
208 209
## picard

210
cd ~/bin
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
211 212 213 214 215 216

mkdir picard_tools
picardVersion=2.10.2
wget -O picard_tools/picard_v${picardVersion}.jar -N https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/${picardVersion}/picard.jar


Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
217

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
218 219

########################################################################################################################
220 221
## igv

222
cd ~/bin
223

224
wget http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/igvtools_2.3.91.zip
225
unzip igvtools_2.3.91.zip
226
mv IGVTools igvtools_2.3.91
227 228
ll igvtools_2.3.91

229
cd ~/bin/
230 231 232
## link from http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
wget http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.4/IGV_2.4.7.zip
unzip IGV_2.4.7.zip
233 234


235
########################################################################################################################
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
236
## kallisto see https://github.com/pachterlab/kallisto/blob/master/INSTALL.md
237 238 239

cd ~/bin

240 241 242
wget https://github.com/pachterlab/kallisto/archive/v0.43.1.tar.gz
tar xvf v0.43.1.tar.gz
cd kallisto-0.43.1
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
243 244 245 246
mkdir build
cd build
cmake ..
make
247
ln -s kallisto-0.43.1/build/src/ kallisto-v0.43.1
248

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
249

250 251
## or fetch existing build
wget https://github.com/pachterlab/kallisto/releases/download/v0.43.1/kallisto_linux-v0.43.1.tar.gz
252
tar xvf kallisto_linux-v0.43.1.tar.gz
253
ln -s kallisto_linux-v0.43.1 kallisto-v0.43.1
254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268


########################################################################################################################
## Moods

## see https://github.com/jhkorhonen/MOODS/wiki/Installation
cd ~/bin

wget --no-check-certificate https://github.com/jhkorhonen/MOODS/releases/download/v1.9.3/MOODS-python-1.9.3.tar.gz
tar xzvf MOODS-python-1.9.3.tar.gz
cd MOODS-python-1.9.3
#python setup.py build_ext --inplace
python setup.py install --user


Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
269 270 271 272 273
########################################################################################################################
## featureCounts

#bins from http://subread.sourceforge.net/
cd ~/bin/
274

275 276
tar xvf subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz
find subread-1.6.0-Linux-x86_64 | grep "featureCounts$"
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
277 278 279


########################################################################################################################
280
## bowtie2 & bowtie1
Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
281 282

cd ~/bin/
283 284 285

#umask u=rwx,g=rwx,o=

Holger Brandl's avatar
Holger Brandl committed
286 287 288 289 290 291
wget https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases/download/v2.3.3.1/bowtie2-2.3.3.1-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.3.1-linux-x86_64.zip
mv bowtie2-2.3.3.1-linux-x86_64 bowtie2-2.3.3.1

mv /projects/bioinfo/bowtie-1.2.1.1-linux-x86_64.zip  ~/bin
unzip bowtie-1.2.1.1-linux-x86_64.zip
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Lena Hersemann committed
292 293


294
#########################################################################################################################
295
## appify
296 297 298 299 300
#
#cd /bin/
#wget https://gist.githubusercontent.com/mathiasbynens/674099/raw/9e64331e348b20049975519b866148050db06da5/appify -O appify
#chmod r+x appify

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Lena Hersemann committed
301
########################################################################################################################
302
## appify fork with image icon support https://gist.github.com/oubiwann/453744744da1141ccc542ff75b47e0cf
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
303

304 305
mkdir ~/bin/appify2
wget https://gist.githubusercontent.com/oubiwann/453744744da1141ccc542ff75b47e0cf/raw/a28ece126d1ff7ec0bf851acce15175e4deceb7d/appify.sh -O ~/bin/appify2/appify
306 307 308 309 310
chmod ug+x ~/bin/appify2/appify



########################################################################################################################
311
## flash
312 313 314 315 316 317 318 319 320 321

cd ~/bin/

tar xvf FLASH-1.2.11.tar.gz
cd FLASH-1.2.11
make
## test the build
./flash --help


322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335
## https://sourceforge.net/projects/flashpage/files/


########################################################################################################################
### last

cd ~/bin/

wget http://last.cbrc.jp/last/index.cgi/archive/tip.tar.gz
tar -xvzf tip.tar.gz
rm tip.tar.gz
mkdir last
mv last-bc08832db1a1 last/
cd last/last-bc08832db1a1
336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349
make install prefix=/home/brandl/bin/last/last-bc08832db1a1/



########################################################################################################################
### gffcompare

cd ~/bin/

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/gffcompare-0.10.4.tar.gz
tar -xvzf gffcompare-0.10.4.tar.gz
cd gffcompare-0.10.4
make

350 351 352 353 354 355 356 357
### gffread
cd ~/bin/

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/gffread-0.11.4.tar.gz
tar -xvzf gffread-0.11.4.tar.gz
cd gffread-0.11.4
make

358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368

########################################################################################################################
### RNAfold

cd ~/bin/

wget https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/download/sourcecode/2_4_x/ViennaRNA-2.4.9.tar.gz
tar -zxf ViennaRNA-2.4.9.tar.gz
cd ViennaRNA-2.4.9
./configure --prefix=/home/brandl/bin/ViennaRNA-2.4.9
make
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Lena Hersemann committed
369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379
make install


########################################################################################################################
### LocalFold

cd ~/bin/

wget http://www.bioinf.uni-freiburg.de/Software/LocalFold/LocalFold-1.0.tar.gz
tar -zxf LocalFold-1.0.tar.gz

Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
380 381 382 383 384 385 386

########################################################################################################################
### SalmonTE

cd ~/bin/

git clone https://github.com/hyunhwaj/SalmonTE
Lena Hersemann's avatar
Lena Hersemann committed
387 388 389 390 391 392 393 394 395 396


########################################################################################################################
### Salmon

cd ~/bin/

wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.0/salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz
tar -zxf salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz
mv salmon-latest_linux_x86_64 salmon-0.14.0
henry's avatar
henry committed
397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415


########################################################################################################################
### PyMol

# Here is an updated guide to installing PyMol using Homebrew on macOS Mojave 10.14.3
# Step 1 is to install Homebrew
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

# Next step is to install the PyMol dependencies using Homebrew
brew install Caskroom/cask/xquartz
brew install tcl-tk
brew install python

# Now install PyMol.
brew install brewsci/bio/pymol

# You can now run PyMol by typing
pymol
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domingue committed
416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448


# ==========================================================================
# PacBio tools
# ==========================================================================

#
# DALIGNER
# --------------------------------------------------------------------------
cd ~/bin
git clone https://github.com/thegenemyers/DALIGNER.git
cd DALIGNER
make


#
# DAMAPPER
# --------------------------------------------------------------------------
cd ~/bin
git clone https://github.com/thegenemyers/DAMAPPER.git
cd DAMAPPER
make


#
# DEXTRACTOR
# --------------------------------------------------------------------------
cd ~/bin
git clone git@github.com:thegenemyers/DEXTRACTOR.git
cd DEXTRACTOR
## replace hdf5 binary location in Makefile
# /sw/apps/hdf5/current/
module load hdf5/1.8.20
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domingue committed
449 450 451 452 453 454 455 456 457
make


#
# DAZZ_DB
# --------------------------------------------------------------------------
cd ~/bin
git clone git@github.com:thegenemyers/DAZZ_DB.git
cd DAZZ_DB
domingue's avatar
domingue committed
458 459 460 461 462 463 464 465 466
make


# ==========================================================================
# Long read
# ==========================================================================
cd ~/bin
git clone https://github.com/lh3/minimap2
cd minimap2 && make