synced cs workflows

chipseq_workflow/cs_snippets.sh

@@ -43,8 +43,11 @@ macs2 -n --broad --gsize
 ## see how well bam files correlate using untrimmed data
 bamCorrelate bins --bamfiles $bamFiles --plotFile="bam_correlation_untrimmed.png" --numberOfProcessors=4 --corMethod spearman
 
+########################################################################################################################
+### bam-index all files in directory
 
 
+#for bamFile in $(ls $baseDir/alignments_trimmed_nomulti_pooled/*.bam); do (samtools index $bamFile ) & done
 
 
 ########################################################################################################################